_Saga da Oniwabanshuu
(edições 4 a 8, ep.8-11)
No anime Shikijou é o primeiro a lutar
contra o grupo de Kenshin e ainda aparece fora
do castelo de Kanryuu. Já no mangá a luta entre
Shikijou e Sanosuke ocorre logo depois
da luta entre Hannya e Kenshin e o embate se dá dentro da mansão de Kanryuu. No mangá quando Kenshin, Sanosuke e Yahiko vão até a mansão de Kanryuu salvar Megumi, Kaoru fica no Dojo.
Já no anime Kaoru vai junto com seus amigos para
a mansão de Kanryuu. O rosto deformado de
Hannya é mostrado por inteiro no mangá, sem a máscara. Já no anime apenas uma parte da máscara de Hannya cai.

_Episódios extras criados
Para impedir que o anime ultrapasse o mangá,
foram criados alguns episódios extras inexistentes
no mangá, tais como a história do lutador de sumô
Toramaru (episódio 13), o médico charlatão Yojinbo
(episódio 14), o grupo Jinputtai (episódios 15 e 16),
da garota Marimo (episódio 17), a volta
de Gohee e Kihee (episódio 18),
a viagem de trem a Yokohama(episódio 22),
dos assassinos que se diziam do Sekihoutai
(episódio 23)
e a da Pirata Shura (episódios 25 a 27).

_Saga de Raijuuta (edições 9 a 11, ep.19-21)
A diferença do mangá para o anime na saga
de Raijuuta é ainda maior.
A começar pelo sobrenome do vilão.
No mangá é Isurugi, enquanto que no anime é Sekido.
No mangá Raijuuta objetiva unificar todos os estilos
de Kenjutsu, e no anime conquistar o país, tal como Shishio. Já Youtarou no mangá é desde início discípulo de Raijuuta e seu pai está vivo, inclusive aparecendo na história.
Já no anime é um garoto mimado que vive
em uma mansão e que perdeu seu pai ainda pequeno.

_Pós-Shishio
Porém a maior de todas as diferenças foi no pósShishio.
No mangá depois de Shishio ser derrotado,
entra em cena Enishi Yukishiro e a irmandade dos Seis,
objetivando vingar-se de Kenshin por seus crimes
do tempo em que era Battousai o terrível retalhador.
Curiosamente, Tomoe Yukishiro,um dos personagens da saga de Enishi, aparece em duas cenas do 6º encerramento do anime, 1/3 Junjou na Kanjou.
No entanto esta saga teve algumas partes
animadas nos 6 OVA's da série. Os 4 primeiros OVA's,
que mostram o passado de Kenshin na época em que era Battousai e de seu romance com Tomoe, consiste de uma parte que na edição brasileira do mangá vai da edição 38 a 41.
Já nos 2 últimos OVA's aparece a luta final de Kenshin
contra Enishi Yukishiro, além do sequestro de Kaoru
por parte de Enishi, mostrado de uma
forma bem diferente da do mangá.
Já no anime veio a saga de
Shogo Amakusa (episódios 67 a 76),
saga de Kaishuu Katsu (episódios 79 a 82),
a dos Cavaleiros Negros (episódios 83 a 88)
e por fim a saga do Feng Shui (episódios 90 a 94),
além dos episódios fillers 63 a 65, 77 , 78
(episódio do pintor apaixonado por Kaoru)
e 89 (episódio em que o pessoal do Aoiya visita
o Dojo Kamiya), mais o episódio 95.
Por muitos fãs da série as sagas pós-Shishio
no anime são consideradas fracas, enquanto que a saga de Enishi (também chamada de Jinchuu ou "Justiça dos Homens") é considerada por muitos a melhor saga
de toda a série, por mostrar detalhes sobre o passado de Kenshin.
Tal diferenciação aconteceu por que ao término
da saga de Shishio, Nobuhiro Watsuki parou
por uns tempos com a história e enquanto isso
o anime alcançou o mangá.
E os produtores, sem outra saída, criaram
suas próprias histórias.
Watsuki ainda pretendia criar a saga de Hokkaido
logo depois da saga de Enishi,
porém desistiu disso.